1、崔永元彻底消失了的原因众说纷纭，崔永元2019年5月10日曾发布致歉声明称，以健康的身体和心态，全力以赴投入教学研究、学科建设，在做学问、做人、培养学生方面，投入更多精力，争取取得成就。

2、崔永元彻底消失了的原因还有传言说是因为身体状况欠佳。崔永元曾在做《实话实说》节目时，因工作压力大和家族病史失眠症患上抑郁症，甚至一度轻生自杀。去年梁太平转发了唐师曾的这一条动态，并附言称为崔老师祈祷，愿上帝保佑敢于实话实说的人。疑似暗示崔永元身体状况欠佳。

3、崔永元彻底消失了的原因也有网友推测被限制了，中国最高法卷宗丢失案曾轰动一时，王林清2018年12月通过前央视名嘴崔永元与其工作室，在网上以视频等方式爆料案卷丢失、监控视频“黑屏”等问题。因受贿、非法获取国家秘密,王林清一审获刑14年，崔永元可能也受到牵连。

4、崔永元被谁害的不得而知，崔永元作为颇具争议性的公众人物，曾因《手机》剧情露骨影射对崔永元造成了负面影响和冯小刚二人结下了仇怨；也因炮轰朱军“见钱眼开”跟朱军致歉；还因和“打假大王”方舟子因转基因食品在网上发生论战；说天说地莫若说真，话东话西不如话实。真实和坦诚地做人，是崔永元一贯遵循的准则。