继发性痛经的原因主要是某些病变引起的，其中最多见的病因是子宫内膜异位症、子宫腺肌瘤、子宫粘膜下肌瘤以及由于子宫颈或阴道的某部分梗阻，这些疾病会妨碍经血排出，导致子宫痉挛，致使经期疼痛。

除了上述原因以外还包括:残角子宫、盆腔炎症(急性、慢性)、子宫颈狭窄、处女膜无孔、阴道横隔等。