1、碽妃，《国史考异》中记载：“《南京太常寺志》所载孝陵神位，左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王，右一位碽妃，生成祖文皇帝，是皆享于陵殿，掌于祠官，三百年来未之有改者，而《实录》顾阙不载何耶……”由此可以判断朱棣是朱元璋和碽妃所生。

2、有传言，朱棣的生母是马皇后，因为在《永乐实录》中记载：高皇后（马皇后）生五子，长懿文太子标……次上（朱棣），次周王橚。”这记载表达了朱棣是朱元璋和马皇后所生，但是《永乐实录》被明成祖修改过，因此此记载不可信。

3、朱元璋并不是不喜欢朱棣，朱棣是明太祖朱元璋第四子，不属于嫡长子，在朱元璋的思想中，皇位继承传嫡不传能人，即使朱棣再智慧过人，军事能力了得，朱元璋也不会打破规矩，再者就是朱元璋和原配马皇后是苦难夫妻，因此马皇后的儿子嫡长子有优势。