试管婴儿也有可能发生宫外孕，大约与自然怀孕的几率是一样的。

尽管试管婴儿将胚胎移入宫腔，但当子宫内膜容受性较差，不适于胚胎植入时，胚胎会寻找合适的位置，有可能进入输卵管，导致输卵管妊娠。

这一全过程中假如精卵结合没有抵达子宫中，就开始受精卵着床发育得话便是宫外孕。

体外受精的试管婴儿发生宫外孕的机率非常低，若移植超过两个胚胎，就可能同时发生宫内妊娠和宫外妊娠。

试管婴儿引起宫外孕的原因还有输卵管产生变病，内分泌要素影响到输卵管的功能出现异常，还有胚胎移殖的技术等。