孕酮低的原因有，女性体质弱，之前有做过流产手术，宫外孕，闭经，不孕症的都是引起孕酮低的原因。

有的女性肾上腺，甲状腺功能严重衰竭，这样就是一种病体的女性体质，对卵巢的功能造成不良的影响，导致受孕受到阻碍和影响，使排卵受到削弱，这样女性的体内就会有孕酮低的情况。