自闭症的起因目前尚不清楚，现有的资料表明，自闭症与遗传和大脑损伤有关，对遗传方式尚不十分清楚，并非某一家族中有自闭的孩子，就会出现另一种疾病，并非必然。

自闭症的遗传方式很繁杂，应当归属于多遗传基因，此外，很有可能与颅脑损伤相关，例如脑栓塞氧气不足、婴儿期室息、肺部感染、癫痫病、脑内关键物质新陈代谢出现异常，也会造成脑危害。

有一些孩子是二者兼具，有一些孩子仅有其一，或许也有其他原因，但现阶段不是很清晰。

可是，自闭症不是与字面上意思相关，并不是孩子的教育和抚养中说话少、守候少，或是喜爱自己玩造成的。