妊娠两个月的时候可以做亲子鉴定，但是效果通常不是很好，建议最好在四个月以后去做。

胎儿在妊娠16周时发育已经基本进入稳定期，此时从母体提取少量的羊水不会影响胎儿的正常发育，对孕妇和胎儿的伤害都比较小，相对来说是安全可靠的。

具体最后医生选择采集的是羊水还是绒毛，与个体差异有关。

需要注意的是在怀孕早期做亲子鉴定，有可能会在羊水穿刺后发生感染。