黄自元生于道光十七年（1837），清同治六年(1867)举于乡，次年殿试列第二（榜眼），授翰林院编修。曾任顺天乡试同考官和江南乡试副考官。民国7年(1918)病逝。曾临摹《间架结构摘要九十二法》书帖，为该书的推广做出了重要贡献。