上合组织不是军事联盟，在其规程里也注明其不是一个军事合作组织，因此它也是不属于军事联盟的组织的。即便如此，但这并不影响其成员国内部的军事交流与合作，目前主要体现在联合反恐上，上合组织成立11年来，已经成为维护地区和平稳定的中流砥柱。

上海合作组织成立之初的重要任务之一，就是合作打击“三股势力”，维护地区安全与稳定，为地区繁荣发展创造良好环境。从2001年到2011年，上合组织在防务安全领域的合作成果共有近70项，本次北京峰会也将在这一领域取得重大成果。

上合组织与东盟相比，有两大主要区别：

1、上合组织顾名思义，是一个国家件合作组织，而东盟属于国家协议联盟组织；

2、上合组织主要针对内部成员国的经济、外交及反恐需要而形成，东盟属于准军事同盟，除了具有上合组织的形成要件，还具有一定的军事结盟意义。